ד"ר אגבאריה משמש כמנהל המכון האונקולוגי בבית החולים בני ציון בחיפה ובבית החולים "אסותא" חיפה, מנהל היחידה לאונקולוגיה בקהילה במחוז הצפון שירותי בריאות כללית.